E.ON ako spoločnosť prevádzkujúca jednu z najväčších sietí elektrární na svete si plne uvedomuje svoju zodpovednosť voči životnému prostrediu. Elektráreň Malženice plní tieto záväzky do bodky.

Zemný plyn je v porovnaní s inými palivami mimoriadne šetrný k životnému prostrediu a pri spaľovaní produkuje spomedzi fosílnych palív najnižšiu úroveň emisií CO2. Spaliny neobsahujú takmer žiadnu síru, fluór ani chlór.

Elektráreň zužitkováva energiu získanú zo zemného plynu maximálne efektívne. Vďaka vysokej účinnosti výroby je dopad elektrárne na životné prostredie minimálny. Emisné hodnoty, ktoré elektráreň produkuje, sú nižšie, ako určujú platné normy Slovenskej republiky.